RNA 二级结构数(Secondary Structure)计算器
RNA 链能折出多少种二级结构?限定「碱基不得相邻配对、配对不得交叉」,答案就是 A004148:1, 1, 1, 2, 4, 8, 17, 37, 82, 185, 423, 978, 2283……它同时是无峰 Motzkin 路径的计数。
前 20 项(A004148)
1, 1, 1, 2, 4, 8, 17, 37, 82, 185, 423, 978, 2283, 5373, 12735, 30372, 72832, 175502, 424748, 1032004
计数长度 n 的 RNA 链在「不含相邻配对、不含交叉配对」下的二级结构数,等价于无峰 Motzkin 路径数。递推 a(n+1) = a(n) + Σ a(j)·a(n−j−1)(0 ≤ j ≤ n−2),a(12) = 2283。
什么是RNA 二级结构数计算器?

RNA 二级结构数(OEIS A004148)计数长度 n 的碱基序列在两条规则下的折叠方式总数:① i 与 j 配对需 j − i ≥ 2(相邻不配);② 配对互不交叉。前 20 项:1, 1, 1, 2, 4, 8, 17, 37, 82, 185, 423, 978, 2283, 5373, 12735, 30372, 72832, 175502, 424748, 1032004。
组合等价:无峰(peak-less)Motzkin 路径——U 上、D 下、H 平,但禁止 U 后紧跟 D。递推按「首碱基独立 or 与 j 配对(内部两段独立)」展开,与卡塔兰数的方式如出一辙,多出「平步」的自由度。
a(0) = a(1) = 1;a(n+1) = a(n) + Σⱼ₌₀ⁿ⁻² a(j)·a(n−j−1)(首碱基不配对或与位置 j+2 起的碱基配对)
Hankel 行列式以 8 为周期取值(−1, 0, 0, 1 循环),是该序列最著名的代数特征。
如何使用RNA 二级结构数计算器
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在输入框填入 n(1 到 500),点击「计算」。
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结果区给出 a(n)、前 12 项与配对规则一句话。
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下方展示前 20 项对照与递推说明。
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对照 motzkin-number 工具:Mₙ(允许相邻配对/峰)明显更大,差距就是「无峰」约束的代价。
计算示例
例 1a(4) = 4
长度 4:全不配(1);(1,3);(1,4);(2,4)——(1,2) 相邻禁、(2,3) 相邻禁、(1,3)(2,4) 交叉禁,恰好 4 种 ✓。
例 2a(12) = 2283
12 个碱基已有两千余种结构;a(20) = 1032004 突破百万——指数增长约 2.42 倍每步,凸显 RNA 折叠空间的庞大。
例 3与 Motzkin 对照
Motzkin 数 M₄ = 9,无峰版 a(4) = 4;被禁掉的正是含峰(UD 相邻)的 5 条路径。生物上对应「发夹环至少跨一个碱基」的几何约束。
注意事项
两条规则缺一不可:只禁交叉不禁相邻得到的是 Motzkin/卡塔兰变体;本序列是两者的交集。
递推式里 a(n) 项对应「首碱基不参与任何配对」,Σ 项对应「首碱基与 j 配对后左右两段独立」——遗漏任何一半都会少算。
Hankel 行列式周期 8 是 Waterman 等人证明的漂亮结果:det(a_{i+j})_{0≤i,j≤m} 在 m 模 8 时循环取 −1, 0, 0, 1。
常见问题
参考资料
凯文内容作者Calcton 数学编辑组 口径审核Calcton 编辑组 交叉审核· 内容更新于 2026-09-25
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Calcton. RNA 二级结构数计算器[EB/OL]. https://www.calcton.com/secondary-structure, 2026-09-25.
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参考来源与更新说明
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最后更新:2026-09-25。
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